又是一个超简单的5分非肿瘤疾病思路，码上！

5+SCI捷径：你只需要集齐miRNA、甲基化、mRNA队列

Hello,小编已经很久没有给大家分享非肿瘤疾病的思路了，今天就给大家介绍一篇联合甲基化和microRNA探索妊娠期糖尿病机制的文章, 文章发表于J Cell Mol Med(IF: 5.29)，集齐microRNA、甲基化、mRNA队列，非肿瘤疾病就能发到5+聚划算！

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（表单题目：非肿瘤疾病受表观、miRNA共调控致病marker筛选思路）

microRNAs 和甲基化改变共同导致妊娠期糖尿病

研究疾病：妊娠期糖尿病GDM

数据集：

microRNAs数据集：GSE104297

mRNAs数据集：GSE103552

甲基化数据集：GSE106099

主要结果

GDM中异常甲基化差异基因、microRNAs筛选

基于mRNA、microRNA、甲基化队列分别筛选差异表达基因、差异表达microRNAs、差异甲基化位点

A：每个常染色所有差异甲基化CPGs位点圈图

B：6个不同基因组区域差异甲基化CPGs位点分布

C：差异甲基化基因染色体分布曼哈顿图

DE：top40差异基因和差异甲基化基因热图

A：与miRNA表达水平呈负相关的mRNA筛选

B：与甲基化水平呈负相关的mRNA筛选

与microRNA异常表达相关的靶基因功能分析

分别对microRNA靶向上调和下调基进行功能、通路富集，以及microRNA-tagrget gene互作网络构建

A：低表达microRNA靶向上调基因的功能富集分析

B：低表达microRNA与靶向上调基因互作网络构建

C：高表达microRNA靶向下调基因的功能富集分析

D：高表达microRNA与靶向下调基因互作网络构建

E：microRNA与靶基因的KEGG通路富集分析

与甲基化改变相关的差异基因功能分析

分别对甲基化水平呈负相关的上下调基因进行功能、通路富集，以及蛋白互作网络构建

A：低甲基化高表达基因的功能、通路富集分析

B：低甲基化高表达基因PPI互作网络构建

E：低甲基化高表达基因PPI互作网络关键模块获取

C：高甲基化低表达基因的功能、通路富集分析

D：高甲基化低表达基因PPI互作网络构建

F：高甲基化低表达基因PPI互作网络关键模块获取

与DNA甲基化和异常microRNA表达均相关的差异基因

筛选同时受microRNA和甲基化调控的疾病差异基因，分析其功能、多组织表达以及PPI互作网络构建

A：受低甲基化、低表达microRNA共同调控的高表达基因

B：受高甲基化、高表达microRNA共同调控的低表达基因

CD：同时受microRNA和甲基化改变调控的上下调基因功能、通路富集分析

EF：同时受microRNA和甲基化改变调控的上下调基因在不同组织中的表达热图

G：同时受microRNA和甲基化改变调控的上下调基因PPI互作网络构建

A-D：受miRNA和DNA甲基化调控表达的4个关键基因，CpG islands 预测

E：IGF1R启动子区域中具有代表性的4个CpG岛结合转录因子被鉴定富含DMR

6、GDM潜在用药筛选

同时受microRNA和甲基化调控的疾病差异基因进行CMap分析，预测潜在用药

小结：

文章到这就分享结束了，是不是很简单，作者顺利获得mRNA、microRNA、甲基化队列（未要求同一样本）识别到了疾病中同时受到microRNA、甲基化调控的关键因子，并预测了疾病的潜在用药，多一点累赘分析都没有，轻松5+。

公开数据库中满足同时有mRNA、microRNA、甲基化队列的疾病还有很多，且非肿瘤疾病思路不常有，赶紧扫码获取吧

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